More than 5.000 species have been described in the Canary Islands, 10% of them being endemics.

(translation in process). Las pequeñas manchas blancas que aparecen en las tuneras son la hembra de la cochinilla, un insecto que tuvo una gran importancia económica en el pasado, al obtenerse de él un tinte carmín muy apreciado.

Frente a la abundancia de invertebrados, Fuerteventura no destaca precisamente por la presencia de vertebrados, siendo las aves los únicos representantes con un número importante de especies, y siendo la que cuenta con un mayor número de especies nidificantes (muchas endémicas) y migratorias.

Las aves más representativas de los llanos, tanto arenosos como terrosos, son: la hubara canaria o avutarda, el corredor, el alcavarán, el acaudón real, el cernícalo y la abubilla.
En los barrancos podemos encontrar a la terrera marismeña, la tarabilla canaria, el herrerillo, el gorrión moruno, etc...
En las áreas montañosas se encuentran una serie de aves nidificantes, como el guirre, la aguililla, el camachuelo trompetero, el águila pescadora, la lechuza común, etc... Tanto el águila pescadora como el guirre están en inminente peligro de extinción.
En el apartado de aves marinas podemos destacar a la pardela, como ave nidificante; y al chorlitejo grande, el chorlitejo gris, al correlimos, a la garcela,etc, como aves migratorias. Hacer especial mención de los pocos individuos de charranes comunes que quedan de la numerosa colonia existente anteriormente.
En la Isla de Lobos, la avifauna cuenta con el petrel, la pardela chica y cenicienta y el paiño común.

La fauna marina ha estado desde siempre presente debido a la pesca, que goza de gran arraigo en Fuerteventura, aunque ha decaído en los últimos tiempos. Ultimamente ha surgido un interés científico y técnico por los peces. Existen unas 390 especies, agrupadas en 117 familias.
Debido a las corrientes marinas, las aguas presentan anomalías en salinidad y temperaturas, que influyen sobremanera en la vida acuática. Estas diferencias permiten la presencia de especies pertenecientes a regiones diversas. La zona de barlovento, azotada por el mar de fondo y más rica en plancton, además de algo
más fría, es en la que más variedad y abundancia de especies hay.
Por familias predominan los espáridos: bogas, salemas, sargos, chopas, galanas, roqueras, samas, brecas, bocinegros, besugos, etc.
Los túnidos y similares están representados principalmente por los bonitos, patudos, rabiles y sierras, además de por las ubicuas y abundantísimas caballas.
Los pelágicos: agujas, voladores, dorados, pejerreyes, peces espada, sardinas y picuíllos.
Entre los cangrejos, la «santorra»-centolla, que se coje con frecuencia en las nasas caladas a poca profundidad. Los cangrejos blanco y colorado, que son muy buscados por la exquisitez de su carne; vive en las orillas y se pesca con la mano en las noches sin
luna, siguiéndose una vieja tradición.
Los camarones son muy importantes por su abundancia. En las cuevas del mar del norte son muy abundantes las langostas canarias, que aquí reciben el nombre de «bogavantes».
En los lugares umbríos de los rompientes del mar de Norte hay percebes en abundancia; los majoreros los llamamos «patas de cabra».
Los moluscos más abundantes son los mejillones. La costa de barlovento de la Isla está, en gran parte, cubierta de ellos. En todo el perímetro de Fuerteventura se encuentran, asimismo burgaos, canaillas y lapas en abundancia.
Entre los cefalópodos abundan en especial los pulpos, calamares, chocos y potas.

En alta mar son frecuentes las tortugas careta o bobas, al igual que las "tortugas laúd", que anidan en algunas playas de la Isla.

Los mamíferos marinos más frecuentes son las «toninas»(delfines),"ruasos" y algunas ballenas, habiéndose constatado recientemente la presencia ocasional de focas monjes.

Los anfibios están representados por la rana común.

Por su parte, los reptiles están representados por los lagartos, la lisa majorera o «lisneja», y los «perenquenes».

En cuanto a los mamíferos, decir que los que habitan en la Isla han sido introducidos, voluntaria o involuntariamente por el hombre, excepto los murciélagos. En esta clase están los perros (siendo el bardino una raza autóctona), la cabra, el cerdo, la oveja, el
caballo, el dromedario, el burro, el gato, etc...
Los mamíferos no domésticos están distribuidos por toda la Isla y entre ellos está el erizo, la musaraña, el murciélago, el conejo, la rata, el ratón y la ardilla moruna, especie ésta última, introducida recientemente en la Isla desde Africa y que causa una importante
devastación en la agricultura de la Isla.

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